计算化学公社

标题: 表面吸附分解计算该如何选择计算工具？ [打印本页]

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Author: SAI 时间: 2018-9-27 15:41
标题: 表面吸附分解计算该如何选择计算工具？
准备研究氟烃在金属（铜、锌、银等）及其他材料（后续工作，暂不考虑）表面的吸附和分解，初步看文献有用Dmol3，也有用VASP的。想请教这样的体系该如何选择计算工具？

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Author: sobereva 时间: 2018-9-27 17:20
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），给你改了，望以后注意

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Author: SAI 时间: 2018-9-27 18:00

sobereva 发表于 2018-9-27 17:20
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），给你 ...

谢谢sob老师，以后一定注意！

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Author: sobereva 时间: 2018-9-27 19:33
要是不打算花钱的话，CP2K现在就挺流行的，要不在意花钱的话，VASP用得很普遍
如果想把机理研究得透彻，用Gaussian或ORCA基于簇模型计算，然后用Multiwfn做各种分析也很好。

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Author: 卡开发发 时间: 2018-9-27 20:28
http://bbs.keinsci.com/thread-10896-1-1.html，这里已经有做了一些讨论。

如果计算条件不算太富裕的话建议还是避免用平面波来做表面反应。首先要确定程序的可靠性，可以做些和你体系相关的测试，有些程序本身的算法、赝势、基组不一定就是可靠的。方法层面上金属的话比较简单，一般情况GGA再考虑色散修正就足够了，不是说这样的精度已经很好，而是要稍微提高精度代价是极其昂贵的（如杂化泛函）。剩下需要考虑的就是程序是否有搜索过渡态的算法，或者是通过外部其他的优化器调用（比如ASE），做频率计算是否方便。在能满足上述条件的程序里面选择一个自己感觉输入顺手的程序用。

作者
Author: SAI 时间: 2018-9-27 22:43

sobereva 发表于 2018-9-27 19:33
要是不打算花钱的话，CP2K现在就挺流行的，要不在意花钱的话，VASP用得很普遍
如果想把机理研究得透彻，用 ...

基础班培训讲义最后介绍了一点吸附的计算，其中提到了利用团簇模型将周期性问题转化为非周期性问题。但是像这样有几十个金属原子的团簇对于Gaussian来说会不会非常吃力而ORCA会更擅长此类体系？另外5楼卡开发发老师也提到过渡态的问题，不知ORCA在过渡态和IRC等计算上是否有Gaussian这样的易用性？
谢谢您的指导！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-28 09:00

SAI 发表于 2018-9-27 22:43
基础班培训讲义最后介绍了一点吸附的计算，其中提到了利用团簇模型将周期性问题转化为非周期性问题。但是 ...

Gaussian完全没问题，过渡金属原子别用太大基组就完了。
ORCA找过渡态不如Gaussian，这点Gaussian在所有量化程序里是最强的。ORCA本身没法走IRC，要走IRC需要结合Gaussian或ASE（见《将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析》http://sobereva.com/422）

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Author: SAI 时间: 2018-10-5 19:12
本帖最后由 SAI 于 2018-10-5 19:14 编辑

sobereva 发表于 2018-9-28 09:00
Gaussian完全没问题，过渡金属原子别用太大基组就完了。
ORCA找过渡态不如Gaussian，这点Gaussian在所有 ...

sob老师，在查找相关文献的时候，不知是否查找的期刊不太对，发现少见今年文章用簇模型结合Gaussian或ORCA来计算表面的吸附和分解，而大多是用平面波方法计算呢？

作者
Author: granvia 时间: 2018-10-5 19:48
肯定VASP。看看Nature和Science子刊中有关材料的理论模拟部分，很多还是用VASP的

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Author: sobereva 时间: 2018-10-6 04:35

SAI 发表于 2018-10-5 19:12
sob老师，在查找相关文献的时候，不知是否查找的期刊不太对，发现少见今年文章用簇模型结合Gaussian或ORC ...

表面问题的研究以第一性原理做周期性计算为主，量子化学程序以团簇模型研究为辅

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Author: SAI 时间: 2018-10-22 20:04

sobereva 发表于 2018-10-6 04:35
表面问题的研究以第一性原理做周期性计算为主，量子化学程序以团簇模型研究为辅

sob老师，我在一边学习第一性原理计算的同时，也在进行着团簇模型的计算。我仿照这讲义上的图，构建了类似于花盆一样的金属簇结构。我想先优化金属后再加入气体进行计算。在优化金属的测试过程中，泛函使用了BP86和B3LYP，基组用的6-31g(d) for Al, lanl08 for Cu, 切的表面有(1 1 1) 和 (1 0 0), 但是在优化的过程中基本都不收敛或是结构散掉了，后来我冻住了最底层原子依旧这样。请问是需要将所有位于边缘的原子都冻住吗？这样做得到的结构是否合理呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-23 14:48

SAI 发表于 2018-10-22 20:04
sob老师，我在一边学习第一性原理计算的同时，也在进行着团簇模型的计算。我仿照这讲义上的图，构建了类 ...

除了实际体系中本来应该与真空接触的以外的边缘原子全都冻住。

作者
Author: yuanzhh3 时间: 2018-10-29 22:01
楼主你好，我想计算配体CN-在金表面的吸附扩散，MS的castep搞起来怎么样呀

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)