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标题: 怎么用gromacs中的alchemy算相对自由能？ [打印本页]

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Author: 向日葵天涯 时间: 2018-8-9 15:33
标题: 怎么用gromacs中的alchemy算相对自由能？
大家好：
我目前想要基于某一个分子，稍作修改进成为其他分子，我想要计算这两个分子的相对自由能，我查到可以用gromacs中alchemy的办法。也找到了相关文献，但是没有找到相关教程，不知道具体该怎么去做，mdp该怎么设置，top该怎么修改，该怎么去跑模拟。请问各位大神谁有这方面的经验或者教程，求指导，万分感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-10 04:54
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），给你改了

作者
Author: 向日葵天涯 时间: 2018-8-10 10:10

sobereva 发表于 2018-8-10 04:54
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），给你 ...

非常抱歉，下次我会注意的。

作者
Author: ruanyang 时间: 2018-8-10 20:02
http://www.alchemistry.org/wiki/Free_Energy_Fundamentals

可以参考这里面的内容

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