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标题: 模拟液体粘度时，用gmx energy命令怎么没有1/viscosity那一项 [打印本页]

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2018-8-8 17:44
标题: 模拟液体粘度时，用gmx energy命令怎么没有1/viscosity那一项
模拟液体粘度时，nvt 200ps，npt200ps，用gmx energy 命令怎么没有1/viscosity那一项，在最后npt.mdp文件中添加了cos-acceleration=0.05

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-8 18:12
只要操作完全正确，没有理由没有那一项

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2018-8-8 18:39
什么问题会导致这样的情况呢

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2018-8-8 20:04
一个是我的mdp文件，一个是报错，那个cos-acceleration应该怎么添加到里面

作者
Author: wbn 时间: 2018-8-9 01:38
mdp里cos-acceleration 拼错了

作者
Author: wbn 时间: 2018-8-9 01:40
P coupling 去掉。最好用NVE。模拟时间最少20 ns

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2018-8-9 09:06

wbn 发表于 2018-8-9 01:40
P coupling 去掉。最好用NVE。模拟时间最少20 ns

为什么要用NVE呢，我用了NVT.NPT有什么不合理吗

作者
Author: wbn 时间: 2018-8-9 09:45

shanxitaiyuan 发表于 2018-8-9 09:06
为什么要用NVE呢，我用了NVT.NPT有什么不合理吗

cos-accelaration和pressure coupling 好像不兼容。NVT也可以，但是一般NVE artifect 可能会小一些。当然这也有可能是迷信

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-10 05:08
原作者是在NVT下做的，NVT下做比用NPT原理上应该更严格些，但我用NPT做过，结果也很合理

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2018-8-11 19:34
好的，谢谢

作者
Author: lonemen 时间: 2019-3-9 09:18
嗯嗯，学习了。收藏了

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