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标题: 在模拟表面张力时将coulombtype设置成PME形式，出现这种错误 [打印本页]

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2018-8-5 19:14
标题: 在模拟表面张力时将coulombtype设置成PME形式，出现这种错误
在模拟表面张力时最小化中的coulombtype设成PME就出现下面的错误，设置成反应场就不会有这样的错误，我使用的时ammber力场，mdp文件应该怎么改才可以使用PME

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-6 05:40
这是警告，不是错误
当前警告并不影响你的正常运行。警告的意思是你当前体系里原子电荷都为0，实际上本来就不需要计算静电相互作用，从时用PME方式来计算更是很浪费时间，所以可以用更便宜的cutoff方式来名义上计算静电相互作用
如果你的体系中原子电荷其实并不应当都为0，那么这也暗示了你的拓扑文件在设定原子电荷的地方可能存在明显错误

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2018-8-6 16:39
出现这种警告后是不能继续运行的，而且之前在mdp文件静电作用使用的是反应场，您说使用PME来算是最好的

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-7 04:38

shanxitaiyuan 发表于 2018-8-6 16:39
出现这种警告后是不能继续运行的，而且之前在mdp文件静电作用使用的是反应场，您说使用PME来算是最好的

加上-maxwarn 5直接忽略

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