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标题: GMX求助-化合物裂解 [打印本页]

作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2018-8-4 15:49
标题: GMX求助-化合物裂解
各位老师好，本人对分子模拟完全是新手，啃了一个月的手册和帖子
最近开始用GMX做一个金属Pt配合物的模拟，都是我的分子在能量最小化的那一步就裂解得不成样子了
我的步骤是
1.用packmol建模，得到的.pdb文件虽然Pt与其配位原子未成键，但是至少还是保持整个分子大概样子
2.用GMX能量最小化，结果现在分子完全裂解成两部分（在这里我是用的UFF力场）
我将输入输出文件全部压缩上传，还望各位老师能够抽空看看
望各位老师指教一二，非常感谢

作者
Author: h840473807 时间: 2018-8-4 18:32
你想模拟配合物的什么性质？一般来说配合物应当用量子化学方法处理，用UFF分子力场是极不合适的。

作者
Author: hdmd 时间: 2018-8-4 19:05
本帖最后由 hdmd 于 2018-8-4 20:44 编辑

没理解错的话你的体系是想依靠分子间作用力，使几个分子保持确定的形态，就是所谓的超分子结构，得到的结果是结构十分不稳定，不能保持。
这个问题一般来讲只有一个原因，就是力场形式/力场参数不够准确。
解决方案一是去查文献，如果有相关的研究可以看看他们用的什么力场，第二种如果你的体系中静电作用对形成超分子结构起主要因素的话，就要考虑是不是用量化算一下电荷，如果都不行就比较麻烦了。
ps：几个问题
1. packmol建模不会改变分子构象，只是把分子随机放入盒子
2. UFF力场不是一个精确的力场（可以说是非常不精确的力场）
3. 力场不光是参数，函数形式也十分重要
4. 涉及到分子构象研究的（你的体系里面就有）二面角函数形式及参数影响非常之大

你的模型我看了看，初始结构是两个负电荷中心相对啊，这样很难稳定吧，pt和N的相互作用很强才可能实现

作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2018-8-6 11:05

h840473807 发表于 2018-8-4 18:32
你想模拟配合物的什么性质？一般来说配合物应当用量子化学方法处理，用UFF分子力场是极不合适的。

您好，我是想着用GMX来模拟一个相对的空间构型，然后用高斯的oniom来进行下一步的工作，您有什么好的建议么

作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2018-8-6 11:17

hdmd 发表于 2018-8-4 19:05
没理解错的话你的体系是想依靠分子间作用力，使几个分子保持确定的形态，就是所谓的超分子结构，得到的结果 ...

您好，对于您的几个问题
方案一：我就是看到就相关的文献用的UFF力场才用的，就是还有相关文献用的OPLS力场，可是这个好像对于金属配合物也不是很好，您这么看
方案二：用量化算一下电荷，我就是用的高斯算的UFF/QEQ电荷，您指的是什么类型的电荷哦，我下去再查查相关文献
1.确实只是随机把分子放进去，可能是VMD判断的原因，把packmol构成的初猜判断为不成键
2.如上
3.4我对于这些是只是在李老师的博客中看到了一些术语，不太了解
然后，非常谢谢您的耐心回复

作者
Author: hdmd 时间: 2018-8-6 15:33
本帖最后由 hdmd 于 2018-8-6 15:37 编辑

大致知道了，你的体系里面Pt和N是成键的，下面是你的键参数和键角参数
----------------------------------------------------------------------------------------
39    21    1    0.2047  278954.5981 ; N_R Pt4+2  type 14

19    21    39    2 90.0000  2158.6067 ; N_R Pt4+2  N_R type 0
39    21    40    2 90.0000  2158.6067 ; N_R Pt4+2  N_R type 0
18    21    39    2 90.0000  2158.6067 ; N_R Pt4+2  N_R type 0
19    21    40    2 90.0000  2158.6067 ; N_R Pt4+2  N_R type 0
----------------------------------------------------------------------------------------
看了下你的结果（如图），Pt-N的距离大致上是2 A（埃打不出来）左右，N-Pt-N键角大致在70°左右，这与你的参数设置预期是差不多的，也就是说单纯从模拟角度来讲结果是没问题，你大致预想的结果是什么样的呢？

显示问题：
键不显示的问题是由于你的输入\输出文件（pdb，gro）当中不包含键信息造成的，可以在pdb文件后面加上键信息就不会出错了，这个不会影响计算结果

作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2018-8-7 11:32
1.从实验的数据来看，应该是一个面面堆垛的情况，模拟感觉还是与实验有些差距的
2.显示的问题，我的输入pdb文件是用GV生成的，然后我记得是重新加入了成键的信息的，我回学校后再去好好检查（学校现在放高温假

），如果是由于pdb文件的原因，那么就好，但是接下来的一系列模拟工作还路长道远
3.还想请教您一个问题，我做升温退火模拟后，取盒子中的一小块做QM/MM模拟，这一块的选取可以随意选取一块么，还是要选比如四个位置来同时进行QM/MM模拟
最后，很感谢您的耐心回复，

作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2018-8-20 17:08

hdmd 发表于 2018-8-6 15:33
大致知道了，你的体系里面Pt和N是成键的，下面是你的键参数和键角参数
--------------------------------- ...

老师好，我好好看了下
1.我的结果显示不成键的原因是VMD判断成键的问题，通过drawingmethod 调出dynamicbonds来调节cutoff即可。但是这样存在取中心分子周围8埃内的其他分子做QM/MM计算时，取的最外层分子只有一半分子（我手动删除这一半分子好了）
2.基于我现在的判断，还是决定用UFF力场来进行计算（不使用opls）
非常谢谢您

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