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标题: POPE膜的构建问题 [打印本页]

作者
Author: 渠梦楠 时间: 2018-7-25 09:52
标题: POPE膜的构建问题
各位前辈好，我现在在做环肽纳米管跨膜体系的构建。实验室的师兄留下来跑过平衡的POPE膜，有一定大小的孔径。但是这个孔径不适合我的环肽纳米管，我自己也用vmd构建了一个POPE膜，但是在跑平衡的过程中容易散。请问各位前辈，我应该怎么做才可以让我的管子适合这个已经平衡的POPE膜。膜的pdb和psf已附上。谢谢各位！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-25 17:00
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），给你改了

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作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-25 17:04
与其说让管子适合这个POPE膜，不如说让POPE膜迎合管子。直接用VMD构建POPE膜，把纳米管插进去，去掉与管子严重重叠的磷脂分子就行了。
部分步骤可参考
Sob谈生物膜体系的搭建
http://sobereva.com/23
模拟初期为了避免水钻进膜与管之间的空隙，可以对水先加垂直于膜的限制势跑，等膜和管子之间自发紧密接触后再去掉限制势

PS：我不用NAMD。

作者
Author: 渠梦楠 时间: 2018-7-25 19:08

sobereva 发表于 2018-7-25 17:00
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），给你 ...

我下次会注意的，谢谢老师！

作者
Author: comchemyu 时间: 2018-8-11 09:07
建议尝试在跑MD时可以先fix住管子，只relax膜，平衡后再一起跑。

作者
Author: ene 时间: 2018-8-15 17:54
可以参考NAMD的膜蛋白手册，一般模拟膜结构时都要首先限制除膜之外的其他结构，先将膜本身平衡，再平衡水，最后平衡跨膜结构。
我这不知到为啥没法上传附件了，只能贴个链接了http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/

Tutorial名称叫Membrane Proteins Tutorial

作者
Author: 渠梦楠 时间: 2018-8-27 15:56
非常感谢您一直在回复我的问题

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