计算化学公社

标题: msd 命令的使用问题 [打印本页]

作者
Author:
哆啦哆啦    时间: 2018-7-4 15:25
标题: msd 命令的使用问题
在gromacs 中做msd我输入以下命令 gmx msd -f  md.xtc -s .md.tpr -o msd.xvg 怎样选多个组进行模拟,比如我想选Group2 ,3, 4,5
Select a group to calculate mean squared displacement for:
Group     0 (         System) has 62344 elements
Group     1 (          Other) has 62344 elements
Group     2 (            Dpa) has   240 elements
Group     3 (            Dpb) has   240 elements
Group     4 (            Dpc) has   240 elements
Group     5 (            Dpd) has   240 elements
Group     6 (            Dpe) has   240 elements
Group     7 (            LIG) has 14080 elements
Group     8 (            BLa) has 37259 elements
Group     9 (            BLb) has  9805 elements
Select a group:


作者
Author:
让你变成回忆    时间: 2018-7-4 15:35
创建一个ndx文件,里面包含你需要的组,然后做msd的时候带着ndx文件就可以了~
作者
Author:
sobereva    时间: 2018-7-4 23:57
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助(见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),给你改了




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