计算化学公社

标题: 请问gromacs是否能做氢键个数的分布 [打印本页]

作者
Author: alystone 时间: 2018-7-3 18:23
标题: 请问gromacs是否能做氢键个数的分布
请问各位老师，gromacs中的gmx hbond命令提供了-dist 和-ang提供了H键的距离和角度分布。如果我想做H键个数的分布有没有直接的选项，手册看了一遍没找到。谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-4 02:16
"个数的分布"具体怎么定义？-nhbdist达不到目的？

作者
Author: alystone 时间: 2018-7-4 07:39

sobereva 发表于 2018-7-4 02:16
"个数的分布"具体怎么定义？-nhbdist达不到目的？

谢谢sob老师。“个数的分布”我想表达的是在所有的frame中，1个H键占的比例，2个H键占的比例等等。这个我昨晚想到可以从hbnum中写个脚本统计一下。但好像-nhbdist没有此类输出。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-4 08:16
基于-nhbdist输出的文件，很容易就统计出来了，excel都行

作者
Author: alystone 时间: 2018-7-4 08:37

sobereva 发表于 2018-7-4 08:16
基于-nhbdist输出的文件，很容易就统计出来了，excel都行

好的，谢谢sob老师。

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)