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标题: 自订原子和势能问题 [打印本页]

作者
Author: hogan6789 时间: 2018-7-1 22:15
标题: 自订原子和势能问题
本帖最后由 hogan6789 于 2018-7-1 22:23 编辑

大家好:
上一篇发帖可能描述得太复杂,都没有人回,所以再重发一次简述版的帖子,希望有能力的可以帮帮忙!

我的系统有水分子(使用tip4p_ice力场)
然后我想创建一个虚原子-wp,并且这个虚原子只与水分子内的氧原子有着自定义的势能作用

我的作法是
1.先建立一个叫做oplsaa.itp,里面定义水分子中的原子和wp的 [ atomtypes ]
2.使用有的tip4p_ice.itp以描述水分子的所有力场资讯,并且仿照tip4p_ice.itp,建立一个描述wp的WELL.itp
3.由于我的wp只想与氧原子有作用力,所以建立了一个叫atomtyes.itp的文件,里面自定义了与wp有关的[ nonbond_params ] (而氧和氢的作用力则是在top的[defaults] 用comb-rule3 自动生成)
4.建立top档, include上述的itp,由于我的氢原子和氧原子之间的作用力是comb-rule 3,所以设定[defaults]的comb-rule设定为3

问题:
在grompp阶段,是没有问题的
可是当我mdrun时,在step0,能量直接爆裂

想请问一下,是我哪个步骤错了呢?
谢谢

作者
Author: hdmd 时间: 2018-7-2 09:52
你的体系中只有水和虚原子两种分子吗？
如果不是，测试下这个体系
如果是，把你的能量发上来看看，bonded，coul，vdw，kspace这些能量都发出来看看，到底那一项溢出了

当然，上述前提是，你能确保你的力场是正确的，

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