计算化学公社

标题: 自订位能函数问题 [打印本页]

作者
Author: hogan6789 时间: 2018-6-28 15:02
标题: 自订位能函数问题
本帖最后由 hogan6789 于 2018-6-28 15:09 编辑

大家好:
最近看到一篇论文,他有提到一个方法计算水/冰界面自由能,
他的方法是创建数个well particle( square-well potentail),
然后自订一个指描述氧原子和well particle之间的位能函数,让这个well particle可以困住氧原子(虽然论文没有说well particle 是虚原子,不过根据这句描述.应该为虚原子)
此外,这些well particle在模拟过程中,固定不动

我根据上面这些资讯,创了模拟档案,在grompp阶段,是没有问题的
可是当我mdrun时,发现了很多问题
我用一样的方法重复做了2次case,
第一个case,在step0,能量直接爆裂
第二个case,他有2个问题,1. 不能平行化,用一个cpu跑没问题 2. 我在log档中发现,氧原子和well particle之间的位能是0
想请问一下,是我哪个部分参数设定错了呢?

附档为相关模拟档案

简述一下我做的事:
1.当水在270K,1atm达平衡后,加入well-particle (molecule name:WELL atom name:wp)
2.建构描述well-particle的力场,有定义基本原子参数的oplsaa.itp, 描述分子的WELL.itp以及描述well particle 和氧以及氢原子之间的作用力参数 atomtypes.itp
奇怪的是,我明明在oplsaa.itp里[ atomtypes ]定义过所有的原子了,可是如果不在atomtypes.itp的[ nonbond_params ]前在宣告一次[ atomtypes ],grompp 会说系统的atom没有定义
3. 创建位能档案,根据官方的手册http://www.gromacs.org/@api/deki/files/94/=gromacs_nb.pdf
4.创建index.ndx然后mdp file then grompp && mdrun

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)