计算化学公社

标题: 请问在gmx中如何限制原子间距离 [打印本页]

---

作者
Author: ra2ghgzh    时间: 2018-6-26 15:26
标题: 请问在gmx中如何限制原子间距离


itp的设置如下：
[ distance_restraints ]
; ai aj type index type’ low  up1  up2  fac
   5 28    1     0    1   0.1  0.3  2.0  10000.0
   6 29    1     1    1   0.1  0.3  2.0  10000.0


mdp的设置如下：
dt                       = 0.0005
nsteps                   = 1000000
...
disre                    = Simple
; Force weighting of pairs in one distance restraint: Conservative or Equal

disre-weighting          = Conservative
; Use sqrt of the time averaged times the instantaneous violation
disre-mixed               = no
disre-fc                     = 1000
disre-tau                   = 0
; Output frequency for pair distances to energy file
nstdisreout               = 100


跑了500ps后，使用gmx disre得到的drmax.xvg显示：
@    xaxis  label "Time (ps)"
@    yaxis  label "nm"
@TYPE xy
         0           0
        50           0
       100           0
       150           0
       200    0.247071
       250     0.13857
       300    0.190778
       350    0.196563
       400    0.305691
       450     0.38104
       500    0.273574



请问这种程度的violation算是正常的吗？如何才能得到更加严格的限制结果？

---

作者
Author: sobereva    时间: 2018-6-26 23:01
low  up1 设的0.1和0.3，说明这个范围内都不收限制力，明显容易在0.1~0.3之间波动
如果你就是希望在某个值上下只允许小范围的波动，那么就别这么设平底限制势

---

作者
Author: ra2ghgzh    时间: 2018-6-27 08:20

sobereva 发表于 2018-6-26 23:01
low  up1 设的0.1和0.3，说明这个范围内都不收限制力，明显容易在0.1~0.3之间波动
如果你就是希望在某个值 ...

我的目的就是将两对原子（5,28）和（6,29）的间距限制在0.1~0.3之间，不是特定的值上。
我发现有时平均violation达到0.5nm时，log文件中的“Dis. Rest.”一项竟然显示0.00000e+00。这是不是哪里的设置出了问题？

---

欢迎光临 计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)

Powered by Discuz! X3.3