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标题: 消除体系转动和平动问题 [打印本页]

作者
Author: xpyp 时间: 2018-6-21 16:10
标题: 消除体系转动和平动问题
gmx模拟蛋白－配体复合物，在用 trjconv -fit rot+trans 选项消除体系的平动和转动时，
其中least square fit 组是选 Protein还是选Protein_lig为好？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-21 16:25
注意求助帖应当在帖子标题末尾体现出提问、求助（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），给你改了

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-21 16:26
如果没有特殊情况，用Protein_lig
如果是诸如考察配体相对于蛋白质的结构波动等情况，那就应该只对蛋白质align

作者
Author: xpyp 时间: 2018-6-21 16:45

sobereva 发表于 2018-6-21 16:26
如果没有特殊情况，用Protein_lig
如果是诸如考察配体相对于蛋白质的结构波动等情况，那就应该只对蛋白质a ...

好的，谢谢。

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