计算化学公社

标题: 分子动力学模拟表面张力界面层分子统计问题 [打印本页]

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2018-6-19 17:01
标题: 分子动力学模拟表面张力界面层分子统计问题
想问一下分子动力学模拟混合物表面张力时想统计一下界面层处每一帧的不同分子的分子个数有什么方法或者工具吗

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-19 18:14
写个VMD脚本来统计即可

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2018-6-21 15:23
请问你说的是tcl语言吗？就是可以统计出界面层处不同分子的个数吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-21 16:33

shanxitaiyuan 发表于 2018-6-21 15:23
请问你说的是tcl语言吗？就是可以统计出界面层处不同分子的个数吗？

是，可
参考例子，举一反三
(, 下载次数 Times of downloads: 57)
(, 下载次数 Times of downloads: 73)

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2018-7-19 17:12
看了一下这个
例子也学习了t'c'l语言但是还是看不太懂，您可不可以具体讲下每个句子的意思参考一下

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-19 17:46

shanxitaiyuan 发表于 2018-7-19 17:12
看了一下这个
例子也学习了t'c'l语言但是还是看不太懂，您可不可以具体讲下每个句子的意思参考一下

VMD内置命令的介绍在VMD手册里都有

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2018-7-20 16:36
我想再确认一下这个例子是统计出界面层处每一帧的平均分子个数还是可以统计处不同的分子有多少

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-20 18:21

shanxitaiyuan 发表于 2018-7-20 16:36
我想再确认一下这个例子是统计出界面层处每一帧的平均分子个数还是可以统计处不同的分子有多少

统计的是选定区域的平均每一帧中的粒子数，不是分子数

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2018-7-23 11:04
那这个粒子可以是分子吗？或者是官能团，就是可以区分开两种不同物质的数量

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-23 14:57

shanxitaiyuan 发表于 2018-7-23 11:04
那这个粒子可以是分子吗？或者是官能团，就是可以区分开两种不同物质的数量

可以
比如水分子，就一个原子叫OW，那么你就统计OW数目，就是水分子的数目

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2018-7-23 16:34
那这样的活tcl脚本的编写要做什么修改呢

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)