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标题: gromacs怎么用部分原子表示整个分子，求溶剂取向？ [打印本页]

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-6-10 19:49
标题: gromacs怎么用部分原子表示整个分子，求溶剂取向？
请问大家，在使用gmx sorient 求溶剂取向时，这么计算，有没有问题。
我计算丙醇和溶质的取向，使用丙三醇的三个C原子代表整个分子，并已三个C原子的平面的法向量与溶质的夹脚theta2表示溶剂的取向可以吗？
代码如下
gmx select -f .gro -s .tpr -n .ndx -on other.ndx
resname MOL and name c1 or name c2 or name c3
gmx sorient -f -s -n other.ndx -no sori-theat2.xvg

我存在疑问是因为从图（用肉眼）看感觉cos theta ＝ 1（大多数），但是算出来cos theta ＝ 0

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