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标题: 关于vasp计算两态之间的跃迁偶极矩 [打印本页]

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-6-6 10:39
标题: 关于vasp计算两态之间的跃迁偶极矩
请问，vasp如何计算两态之间的跃迁偶极矩以及非绝热耦合的大小呢？多谢了

作者
Author: 万里云 时间: 2018-6-6 19:49
参见科大赵瑾老师组郑奇靖博士的程序：
https://github.com/QijingZheng/vaspwfc

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-6-14 13:35

万里云发表于 2018-6-6 19:49
参见科大赵瑾老师组郑奇靖博士的程序：
https://github.com/QijingZheng/vaspwfc

十分感谢您。我试过了，通过该程序可以获得wfc_i.vasp和wfc_r.vasp，那请问，如何得到Hamiltonian的real和imaginary部分呢？

作者
Author: 万里云 时间: 2018-6-15 10:28

Theor_Comp 发表于 2018-6-14 13:35
十分感谢您。我试过了，通过该程序可以获得wfc_i.vasp和wfc_r.vasp，那请问，如何得到Hamiltonian的real ...

哈密顿量的对角元是能级，非对角元是波函数内积(<t,i|t+1,j>-<t+1,i|t,j>)/2dt。

翻一翻他的程序就能找到。

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-6-15 14:38

万里云发表于 2018-6-15 10:28
哈密顿量的对角元是能级，非对角元是波函数内积(-)/2dt。

翻一翻他的程序就能找到。

您好！能否稍微详细介绍下呢，我想分别输出elelctronic hamiltonian的real part和imaginary part，麻烦了。

作者
Author: 万里云 时间: 2018-6-16 10:02

Theor_Comp 发表于 2018-6-15 14:38
您好！能否稍微详细介绍下呢，我想分别输出elelctronic hamiltonian的real part和imaginary part，麻烦了 ...

https://github.com/QijingZheng/VaspBandUnfolding
看那个nac.py。

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-6-16 10:36

万里云发表于 2018-6-16 10:02
https://github.com/QijingZheng/VaspBandUnfolding
看那个nac.py。

谢谢。这个程序我试了，运行之后得到的是eig.txt和nac.txt，不知如何输出hamiltonian矩阵呢？

作者
Author: 万里云 时间: 2018-6-16 15:25

Theor_Comp 发表于 2018-6-16 10:36
谢谢。这个程序我试了，运行之后得到的是eig.txt和nac.txt，不知如何输出hamiltonian矩阵呢？

nac.txt中的数据乘以-ihbar，对角元加上能量，就是哈密顿量了。

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-6-16 15:58

万里云发表于 2018-6-16 15:25
nac.txt中的数据乘以-ihbar，对角元加上能量，就是哈密顿量了。

不太清楚具体如何操作，能否麻烦您再介绍下吗？实在是麻烦您了
另外，怎么单独获得real和imaginary部分的输出呢？

作者
Author: 万里云 时间: 2018-6-16 20:17
本帖最后由万里云于 2018-6-16 20:38 编辑

Theor_Comp 发表于 2018-6-16 15:58
不太清楚具体如何操作，能否麻烦您再介绍下吗？实在是麻烦您了
另外，怎么单独获得real和imaginary部分 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 39)

操作流程：

建一个文件夹叫nac，下面建个文件夹叫wave，wave下面分别建两个文件夹叫0和1；
在0和1下面分别算WAVECAR；
在nac下面写一个叫inp的输入文件，内容如下

&namdpara
bmin = 哈密顿量能带下限
bmax = 哈密顿量能带上限
nbands = WAVECAR中有多少能带
isw = 0
potim = 分子动力学步长
rundir = './wave'
/

复制代码

4. 运行vasp_nac.x。

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-6-16 23:54

万里云发表于 2018-6-16 20:17
操作流程：

十分感谢您！

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-6-17 10:15

万里云发表于 2018-6-16 20:17
操作流程：

十分谢谢。通过使用以上代码后，确实可以输出0与1之间。不知是否存在这样的代码，通过vasp的MD之后得到的xdatcar，里面包含了多个坐标，分别对每个坐标的构型进行计算，可以得到多个wavecar，之后对它们均进行以上处理，同时输出多个_re.dat和多个_im.dat？

作者
Author: 万里云 时间: 2018-6-17 15:06

Theor_Comp 发表于 2018-6-17 10:15
十分谢谢。通过使用以上代码后，确实可以输出0与1之间。不知是否存在这样的代码，通过vasp的MD之后得到的 ...

用shell脚本就能完成，不算很复杂。

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-6-17 16:43

万里云发表于 2018-6-17 15:06
用shell脚本就能完成，不算很复杂。

自己不是太熟悉脚本这块。所有有两个问题：

1. 不知是否有可以参考的脚本,可实现以上目的？

2. 另外，通过您的代码得到的_re.dat和_im.dat 与通过郑博士nac.py的脚本得到的eig.txt和nac.txt有什么区别呢？

作者
Author: 万里云 时间: 2018-6-17 22:43

Theor_Comp 发表于 2018-6-17 16:43
自己不是太熟悉脚本这块。所有有两个问题：

1. 不知是否有可以参考的脚本,可实现以上目的？

1. PYXAID这个程序中有类似的脚本，可以拿来修改；
2. _re.dat和_im.dat是PYXAID格式，程序本身也是拿郑博士的程序改的。联系就是上面提到的，nac.txt中数据乘以-ihbar，对角元再加上eig.txt，就是_re.dat和_im.dat。

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-6-18 17:44
本帖最后由 Theor_Comp 于 2018-6-18 17:46 编辑

万里云发表于 2018-6-17 22:43
1. PYXAID这个程序中有类似的脚本，可以拿来修改；
2. _re.dat和_im.dat是PYXAID格式，程序本身也是拿郑 ...

谢谢您的耐心解答！
1. 我试过了pyx那个，不知是否存在与vasp接口的pyx? 网上是与qe接的
2. 发现进行scf计算后得到的wavecar非常大，当需要几十或几百个wavecar进行nac时，硬盘不够用怎么办呀？（有的一个wavecar就好几个G）
再次感谢您！

作者
Author: 万里云 时间: 2018-6-18 21:11

Theor_Comp 发表于 2018-6-18 17:44
谢谢您的耐心解答！
1. 我试过了pyx那个，不知是否存在与vasp接口的pyx? 网上是与qe接的
2. 发现进行sc ...

1.与VASP的接口要自己写，算矩阵元的程序就是nac_vasp.x，另外需要一个driver，可以用shell script来写。

2.可以在driver中把不会再用到的波函数删掉。

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-6-18 21:41

万里云发表于 2018-6-18 21:11
1.与VASP的接口要自己写，算矩阵元的程序就是nac_vasp.x，另外需要一个driver，可以用shell script来写。 ...

这个driver是什么呀，怎么学着写呢？自己真是这方面的小白，希望您见谅这么多问题

作者
Author: 万里云 时间: 2018-6-19 15:02

Theor_Comp 发表于 2018-6-18 21:41
这个driver是什么呀，怎么学着写呢？自己真是这方面的小白，希望您见谅这么多问题

driver就是一个程序，负责分割XDATCAR，创建文件夹，准备VASP输入文件，运行VASP，生成nac_vasp.x输入文件，调用nac_vasp.x，清理wavecar。

怎么写，就只能百度+照着葫芦画瓢了。

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-6-19 16:29

万里云发表于 2018-6-19 15:02
driver就是一个程序，负责分割XDATCAR，创建文件夹，准备VASP输入文件，运行VASP，生成nac_vasp.x输入文 ...

可以根据不同语言的葫芦，画另外语言的瓢吗。比如参照pyx的python程序来写这个driver,具有可实施性吗？或者说必须得用shell script呢？python在调用.x那个程序时容易实现吗?

作者
Author: 万里云 时间: 2018-6-19 20:20

Theor_Comp 发表于 2018-6-19 16:29
可以根据不同语言的葫芦，画另外语言的瓢吗。比如参照pyx的python程序来写这个driver,具有可实施性吗？或 ...

算法通用。

python处理文件没有shell方便。

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-6-19 21:25

万里云发表于 2018-6-19 20:20
算法通用。

python处理文件没有shell方便。

多谢多谢！

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-6-24 21:16

Theor_Comp 发表于 2018-6-19 21:25
多谢多谢！

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-6-24 21:17

Theor_Comp 发表于 2018-6-19 21:25
多谢多谢！

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-6-24 21:18

万里云发表于 2018-6-19 20:20
算法通用。

python处理文件没有shell方便。

您好！还得再请教您下：

bmin = 哈密顿量能带下限
bmax = 哈密顿量能带上限 -------这个能带上下限怎么确定呀？？
nbands = WAVECAR中有多少能带  -------WAVECAR不可读，如何确定nbands呀？？
isw = 0  --------这个是什么？？
potim = 分子动力学步长  ------这个是需要设置成与基态MD时的INCAR中一致吗？？

十分感谢！

作者
Author: 万里云 时间: 2018-6-27 09:29

Theor_Comp 发表于 2018-6-24 21:18
您好！还得再请教您下：

bmin = 哈密顿量能带下限

bmin = 哈密顿量能带下限
bmax = 哈密顿量能带上限 -------这个能带上下限怎么确定呀？？

看你要研究载流子在哪些带间的运动。

nbands = WAVECAR中有多少能带 -------WAVECAR不可读，如何确定nbands呀？？

如果编译VASP时没启用ScaLAPACK，nbands就是INCAR中的NBANDS。启用ScaLAPACK，需要先试着跑一步，查看OUTCAR。

isw = 0 --------这个是什么？？

用第0步和第0+1步的波函数计算第0步的耦合系数。以此类推。

potim = 分子动力学步长 ------这个是需要设置成与基态MD时的INCAR中一致吗？？

是的。

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-6-28 22:28

万里云发表于 2018-6-27 09:29
看你要研究载流子在哪些带间的运动。

其中，bmin一般是取1，而bmax一般取nbands的数值吗？？
十分感谢！

作者
Author: 万里云 时间: 2018-6-29 09:29

Theor_Comp 发表于 2018-6-28 22:28
其中，bmin一般是取1，而bmax一般取nbands的数值吗？？
十分感谢！

一般不这么取，太占硬盘了。

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-6-29 09:42

万里云发表于 2018-6-29 09:29
一般不这么取，太占硬盘了。

那您的经验是？

作者
Author: 万里云 时间: 2018-6-29 14:56

Theor_Comp 发表于 2018-6-29 09:42
那您的经验是？

就是上面提到的，要研究载流子在哪些态间的运动，就指定哪些带。

作者
Author: maoxinxina 时间: 2018-7-3 15:42

万里云发表于 2018-6-6 19:49
参见科大赵瑾老师组郑奇靖博士的程序：
https://github.com/QijingZheng/vaspwfc

想问下怎么安装这个PYXAID软件？谢谢了。

作者
Author: 万里云 时间: 2018-7-3 19:40

maoxinxina 发表于 2018-7-3 15:42
想问下怎么安装这个PYXAID软件？谢谢了。

这个就麻烦了……系统编译器太旧了也不行。

我自己都没装成功过。

作者
Author: maoxinxina 时间: 2018-7-4 14:47

万里云发表于 2018-7-3 19:40
这个就麻烦了……系统编译器太旧了也不行。

我自己都没装成功过。

嗯嗯，谢谢了

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