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标题: 关于怎么计算氢键寿命 [打印本页]

作者
Author: jitalaoui 时间: 2018-6-5 21:14
标题: 关于怎么计算氢键寿命
本帖最后由 jitalaoui 于 2018-6-5 21:17 编辑

大家好，我想请问一下大家关于计算氢键寿命的问题。比如说我有300个pdb文件，也就是300ns每隔1ns得到的轨迹文件，我想求300ns内氢键的寿命，其中一个氢键在连续5帧内都存在氢键，5直接除以300就是这个氢键的氢键寿命吗？氢键自相关函数c（t）中<h>是什么意思，应该怎么带入求？求大佬指导~

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-6 03:49
氢键寿命明显达不到1ns，每隔1ns存一次的结构文件明显没法用于统计氢键寿命

如果你用的gmx，自带的hbond命令直接就可以输出氢键寿命，公式如下
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作者
Author: jitalaoui 时间: 2018-6-7 15:09

sobereva 发表于 2018-6-6 03:49
氢键寿命明显达不到1ns，每隔1ns存一次的结构文件明显没法用于统计氢键寿命

如果你用的gmx，自带的hbond ...

哦哦，好的，谢谢sob老师

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