计算化学公社

标题: 关于gromacs中控制文件中nstcomm和comm-grps的问题 [打印本页]

作者
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虔诚的人    时间: 2018-5-23 10:36
标题: 关于gromacs中控制文件中nstcomm和comm-grps的问题
今天尝试做gromacs教程中的umbrella采样模拟,对mdp文件存在疑惑。; These options remove COM motion of the systemnstcomm            = 10          ; frequency for center of mass motion removal
comm-mode       = Linear     ; Remove center of mass translation
comm-grps         = System   ; group(s) for center of mass motion removal, default is the whole system
想请问一下各位老师、朋友,在拉伸过程中这样设置的原因是什么?
ps:分别是:质心移动的输出频率?移除质心的转动?质心为整个系统?----也就是控制在拉的过程中整个系统的质心不发生转动?




作者
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sobereva    时间: 2018-5-23 12:24
这个跟伞状采样没有直接关系,即便是一般的模拟也是这样设的
周期性模拟过程中,由于计算非键相互作用会有一定数值误差,可能导致MD过程中体系有本不该出现的整体平移现象,当前设定可以消除这个问题。(也有别的情况,看具体体系)
作者
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虔诚的人    时间: 2018-5-23 20:29
sobereva 发表于 2018-5-23 12:24
这个跟伞状采样没有直接关系,即便是一般的模拟也是这样设的
周期性模拟过程中,由于计算非键相互作用会有 ...

谢谢sob老师




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